曹县人民医院有新老两个院区组成。老院区位于县城西关闽江路健康新村1号，始建于1949年，占地70亩，建筑面积34520平方米，业务用房21137平方米，是全县医疗、教学、科研、急救中心，是离休干部、城镇职工、城镇居民医保和新农合定点医院，是国家爱婴医院、山东省优质服务百佳医院和省级精神文明单位。老院区开设计17个医技和21个临床学科，开放病床647张。医院现有人员871人，其中硕士13人、本科278人、专科246人、中专259人、其他88人。高级职称90人（正高15人、副高75人）、中级职称401人、初级职称359人、其他111人。医疗人员279人、护理人员216人、医技人员101人、药政人员52人、行管后勤133人、其他人员90人。2013年九月，曹县人民医院新院区建设完成，建设面积22000平米，设置床位450张，总投资约5000余万元。大楼将按现代化、信息化、多元化要求建设，设有单人病房、双人病房、普通病房、中心供氧、中心吸引、自动空气调节系统、自动消防监控系统、信息交换通讯系统、物流传输系统、无线呼叫、急救通讯网络等现代化设施。大大改善病人的住院条件，满足不同层次病人的多种需求，同时大大缓解医疗、科研资源不足的局面，为医护人员提供更舒适的工作学习环境，大幅提升医院综合实力。除儿科、妇科外，其他科室已经搬到新院区。