福建医科大学附属第二医院始建于1881年，原名“惠世医院”，系英国基督教长老会创办。1973年整建制划归福建医科大学，更名为福建医科大学附属第二医院。医院是福建省首批通过卫生部评审的三级甲等综合医院之一，是我省主要的医疗、教学、科研、毕业后教育基地之一，是博士、硕士研究生学位授权点单位、国家级博士后科研工作站。是国家省级区域医疗中心、福建省呼吸医学中心。在全国三级公立医院绩效考核评价中三次进入全国前10%，等级A+。医院荣获第六届“全国文明单位”荣誉称号。

医院设鲤城和东海两个院区，鲤城院区占地24.57亩，东海院区占地322.6亩；医院编制床位2000张，年门急诊量近180万人次，住院量近9万人次，年住院手术近8万台次。现有员工3100余人，其中正、副高职称439人，博、硕士725人,医师中具有博士、硕士研究生学历占总数75%，博士生导师23人，硕士生导师149人，教授、副教授146人。在国际学会任理事、委员等学术任职2人，国家级学（协）会委员以上学术任职90人次、省级学（协）会副主任委员以上学术任职43人次。