上海市口腔医院始建于1946年，时名上海牙病中心防治所，是上海最早的公立口腔医疗机构，自上世纪50年代起，受上海市卫生健康委员会委托，指导全市口腔病防控工作，拥有全国最完整的口腔公共卫生三级防治网络，是本市口腔科普总召集人单位。1998年更名为上海市口腔病防治院；2015年复旦大学与上海申康医院发展中心签约共建复旦大学附属口腔医院；2021年获批第一冠名上海市口腔医院，第二冠名复旦大学附属口腔医院，加挂上海市口腔健康中心牌子；2021年，经复旦大学党委常委会研究，决定成立复旦大学口腔医学院，依托上海市口腔医院建设。现已成为医疗、教学、科研、预防全面发展，医防融合特色鲜明的口腔医院、口腔医学院、口腔医学研究和口腔健康管理机构。 医院设有北京东路院区、复兴中路院区、浦锦院区、永嘉路门诊部和天津路科研教学中心，年门急诊服务量70万人次，是上海市口腔质量控制中心分中心，2020年上海申康医院发展中心综合绩效评估为优良。建设中的口腔医院新院建筑面积5万平方米，将于2023年7月投入使用，届时医院将开放综合治疗椅570台，病床100张，为上海单体体量最大的口腔医疗中心。 医院现有职工529人，其中博士研究生导师11人；是中国牙病防治基金会副理事长、中华口腔医学会常务理事、上海市口腔医学会副理事长、上海市医师协会口腔医师分会副理事长单位、全国口腔健康大数据专科联盟主任委员单位及国际牙科研究学会（IADR）中国委员会委员单位。拥有全国各专业委员会主任委员1名，副主任委员4名，上海市各专业委员会主任委员4名，副主任委员13名。