医院设有临床科室60个，医技辅助科室15个。心血管内科、儿科重症(PICU)、骨科、新生儿科、重症医学科、内分泌科、普通外科、泌尿外科、病理科、儿科、口腔科、烧伤科、消化内科、医学影像科、急诊科15个专科为广东省临床重点专科。 整形外科获评广东省高水平临床重点专科，是粤东地区仅有的三个省级高水平临床重点专科之一，广东省首批、粤东唯一一家省级美容外科培训基地。建成心血管疾病“五大中心”——胸痛中心、心脏康复中心、心衰中心、高血压达标中心、房颤中心等相继通过国家级认证。 整合小儿内科、小儿外科及相关专业而成立的附二儿童医院，是目前粤东地区最具规模和实力的内设专科医院，获批“广东省省级儿童早期发展示范基地”“广东省和汕头市两级重症新生儿救治中心”。 医学影像科是广东省医学放射诊断质量控制中心粤东远程会诊基地，国家自然基金重点课题承担单位，国家级精品课程单位。急诊科是中国创伤救治培训基地，广东省创伤救治科研中心，汕头市医学会急诊专委会主委单位。内分泌科是广东省糖尿病防治研究中心之汕头中心。骨外科是粤东首家“中国创伤救治联盟”成员建设单位。近年来，全国首批国家级一级癫痫中心，粤东首家国家级血友病治疗中心，国家级甲状腺微创介入建设中心及乳腺微创介入建设中心，心脏瓣膜病介入中心建设单位，也先后落户附二院。