医院始建于1888年，前身为“中华基督教礼贤会东莞普济医院”，是我国最早建立的西医院之一，也是我国第一家德国教会医院。经过130多年的积淀，现已发展成为集医疗、教学、科研及预防保健为一体的大型综合性三级甲等医院。2020年12月29日，东莞市人民政府与南方医科大学签订合作共建协议，医院成为南方医科大学附属东莞医院。2021年3月，医院入选广东省高水平医院重点建设医院。